Pronto los catalanes, gallegos y vizcaínos que residían en el mineral entraron en disensiones con los andaluces, castellanos y criollos favorecidos por los Salcedo. Se dieron batallas sangrientas con variado éxito, hasta que el virrey D. Diego de Benavides, conde de Santisteban, encomendó al obispo de Arequipa, fray Juan de Almoguera, la pacificación del mineral. Los partidarios de los Salcedo derrotaron á las tropas del obispo, librando mal herido el corregidor Peredo.
En estos combates, hallándose los de Salcedo escasos de plomo, fundieron balas de plata. No se dirá que no mataban lujosamente.
Así las cosas, aconteció en Lima la muerte del de Santisteban, y la Real Audiencia asumió el poder. El gobernador que ésta nombró para Laycacota, viéndose sin fuerzas para hacer respetar su autoridad, entregó el mando á D. José Salcedo, que lo aceptó bajo el título de justícia mayor. La Audiencia se declaró impotente y contemporizó con Salcedo, el cual, recelando nuevos ataques de los vascongados, levantó y artilló una fortaleza en el cerro.
En verdad que la Audiencia tenía por entonces mucho grave de que ocuparse con los disturbios que promovía en Chile el gobernador Meneses y con la tremenda y vasta conspiración del inca Bohorques, descubierta en Lima casi al estallar que condujo al caudillo y sus tenientes al cadalso.
El orden se había por completo restablecido en Laycacota, y todos los vecinos estaban contentos del buen gobierno y caballerosidad del justicia mayor.
Pero en 1667, la Audiencia tuvo que reconocer al nuevo virrey llegado de España.
Era éste el conde de Lemos, mozo de treinta y tres años, á quien, según los historiadores, sólo faltaba sotana para ser completo jesuita. En cerca de cinco años de mando, brilló poco como administrador. Sus einpresas se limitaron á enviar, aunque sin éxito, una fuerte escuadra en persecución del bucanero Morgán, que había incendiado Panamá, y á apresar en las costas de Chile á Enrique Clerk. Un año después de su destrucción por los bucaneros (1670), la antigua Panamá, fundada en 1518, se trasladó al lugar donde hoy se encuentra. Dos voraces incendios, uno en febrero de 1737 y otro en marzo de 1756, convirtieron en cenizas dos terceras partes de los edificios, entre los que algunos debieron ser monumentales, á juzgar por las ruinas que aún llaman la atención del viajero.
El virrey conde de Lemos se distinguió únicamente por su devoción.
Con frecuencia se le veía barriendo el piso de la iglesia de los Desamparados, tocando en ella el órgano y haciendo el oficio de cantor en la solemne misa dominical, dándoscle tres pepinillos de las murmuraciones
