Desgraciadamente, lo soberbio de su carácter y la mezquina rivalidad que abrigara contra su antecesor, hostilizándolo indignamente en el juicio de residencia, amenguan ante la historia el nombre del virrey arzobispo.
Bajo esta administración fué cuando los vecinos de Lima enviaron barrillas de oro para el chapin de la reina, nombre que se daba al obsequio que hacían los pueblos al monarca cuando éste contraía matrimonio: era, digámoslo así, el regalo de boda que ofrecían los vasallos.
Los brasileros se apoderaron de una parte del territorio fronterizo á Buenos Aires, y su ilustrísima envió con presteza tropas que, bajo el mando del maestre de campo D. José de Garro, gobernador del Río de la Plata, los desalojaron después de reñidísima batalla. La paz de Utrecht vino á poner término á la guerra, obteniendo Portugal ventajosas concesiones de España.
Los filibusteros Juan Guarín (Warlen) y Bartolomé Chcarps, apoyados por los indios del Darién, entraron por el mar del Sur, hicieron en Panamá algunas presas de importancia, como la del navío Trinidad, saquearon los puertos de Barbacoas, Ilo y Coquimbo, incendiaron la Serena y el 9 de febrero de 1681 desembarcaron en Arica. Gaspar de Oviedo, alférez real y justicia mayor de la provincia, se puso á la cabeza del pueblo y, después de ocho horas de encarnizado combate, los piratas tuvieron que acogerse á sus naves, dejando entre los muertos al capitán Guarín y once prisioneros, Liñán de Cisneros equipó precipitadamente en el Callao dos buques, los artilló con treinta piezas, y confirió su mando al general Pantoja; y aunque es verdad que nuestra escuadrilla no dió caza á los piratas, sus maniobras influyeron para que éstos, desmoralizados ya con el desastre de Arica, abandonasen nuestros mares. En cuanto á los once prisioneros, fueron ajusticiados on la plaza Mayor de Lima, Fué esta época de grandes cuestiones religiosas. Las competencias de frailes y jesuítas en las misiones de Mojos, Carabaya y Amazonas; un tumultuoso capítulo de las monjas de Santa Catalina en Quito, muchas de las cuales abandonaron la clausura, y la cuestión del obispo Mollinedo con los canónigos del Cuzco, por puntos de disciplina, darían campo para escribir largamente. Pero la conmoción más grave fué la de los franciscanos de Lima que el 23 de diciembre de 1680, á las once de la noche, pusieron fuego á la celda del comisario general de la orden fray Marcos Terán.
Bajo el gobierno de Liñán de Cisneros, vigésimo primo virrey del Perú, sc recibieron en Lima los primeros ejemplares de la Recopilación de leyes de Indias, impresión hecha en Madrid en 1680; se prohibió la fabricación de aguardientes que no fuesen de los conchos puros del vino, y se fundó el conventillo de Santa Rosa de Viterbo para beatas franciscanas.
