Bajo su gobierno se verificó el Concilio provincial de 1772, presidido por el arzobispo D. Diego Parada, en que fueron confirmados los cánones del Concilio de Santo Toribio.
Hubo de curioso en este Concilio que habiendo investido Amat al franciscano fray Juan de Marimón, su paisano, confesor y aun pariente, con el carácter de teólogo representante del real patronato, se vió en el conflicto de tener que destituirlo y desterrarlo por dos años á Trujillo. El padre Marimón, combatiendo en la sesión del 28 de febrero al obispo Espiñeyra y al crucifero Durán, que defendían la doctrina del probabilismo, anduvo algo cáustico con sus adversarios. Llamado al orden Marimón, contestó, dando una palmada sobre la tribuna: «Nada de gritos, ilustrísimo señior, que respetos guardan respetos, y si su señoría vuelve á gritarme, yo tengo pulmón más fuerte y le sacaré ventaja. En uno de los volúmenes de Papeles varios de la Biblioteca de Lima se encuentran un opúsculo del padre agonizante Durán, una carta del obispo fray Pedro Angel de Espiñeyra, el decreto de Amat y una réplica de Marimón, así como el sermón que pronunció éste en las exequias del padre Pachi, muerto en olor de santidad.
El virrey, cuyo liberalismo en materia religiosa se adelantaba á su época, influyó, aunque sin éxito, para que se obligase á los frailes á hacer vida común y á reformar sus costumbres, que no eran ciertamente evangélicas. Lima encerraba entonces entre sus murallas la bicoca de mil trescientos frailes, y los monasterios de monjas la pigricia de setecientas mujeres.
Para espiar á los frailes que andaban en malos pasos por los barrios de Abajo el Puente, hizo Amat construir el balcón de palacio que da á la plazuela de los Desamparados y se pasaba muchas horas escondido tras de las celosías.
Algún motivo de tirria debieron darle los frailes de la Merced, pues siempre que divisaba hábito de esa comunidad murmuraba entre dientes:
«¡Buen blanco!» Los que lo oían pensaban que el virrey se refería á la tela del traje, hasta que un curioso se atrevió á pedirle aclaración, y entonces dijo Amat: Buen blanco para una bala de cañón!» En otra ocasión hemos hablado de las medidas prudentes y acertadas que tomó Amat para cumplir la real orden por la que fueron expulsados los miembros de la Compañía de Jesús. El virrey inauguró inmediatamente en el local del colegio de los jesuítas el famoso Convictorio de San Carlos, que tantos hombres ilustres ha dado á la America.
Amotinada en el Callao á los gritos de «Viva el rey y muera su mal gobierno!» la tripulación de los navíos Septentrión y Astuto por retardo en el pagamento de sueldos, el virrey enarboló en un torreón la bandera de
